Am Hohner-Konservatorium unterrichtet Johannes Baumann das Fach Leitung von Akkordeonorchestern. In diesem Zusammenhang steht auch das Hohner-Orchester 1927 für die Dirigentenausbildung des Konservatoriums zur Verfügung. Zudem unterrichtet Johannes Baumann das Fach Werkanalyse
Er ist ein vielgefragter Dozent und Juror und leitet in der Nachfolge von Karl Perenthaler das Hohner-Orchesters Trossingen 1927 e.V.
Johannes Baumann ist gern gesehener Dirigent bei Auswahlorchestern, wie dem Projektorchester Breisgau, dem Orchester der Kreisvereinigung FDS-Rottweil sowie dem Landesjugendorchester Baden-Württemberg.
Auch als Juror ist er seit 1985 in nationalen und internationalen Musikwettbewerben tätig. 2013 übernahm er den Vorsitz der Höchststufen-Jury beim World Music Festival in Innsbruck. Er ist Mitglied im Musikbeirat des DHV, Mitglied des erweiterten Präsidiums des DHV und seit 2000 Landesdirigent des DHV Landesverbandes Baden-Württemberg. Hier ist er in der Organisation von Wettbewerben und in der Dirigenten- und Jurorenschulung tätig.